function [matrix, matrixInfo]  = blosum55
%BLOSUM55 Clustered Scoring Matrix in 1/3 Bit Units
%   Blocks Database = /data/blocks_5.0/blocks.dat
%   Cluster Percentage: >= 55
%   Entropy =   0.5637, Expected Score =  -0.4179
%   Lowest Score = -5, Highest Score = 15
%
%   Order:
%   A  R  N  D  C  Q  E  G  H  I  L  K  M  F  P  S  T  W  Y  V  B  Z  X  *
%
%   [MATRIX,MATRIXINFO] = BLOSUM55 returns a structure of information about
%   the matrix with fields Name, Scale, Entropy, Expected and Order.

% Source:  ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/matrices/
%   $Revision: 1.5 $ 

matrix = [...
   5 -2 -2 -2  0 -1 -1  0 -2 -2 -2 -1 -1 -3 -1  2  0 -4 -2  0 -2 -1 -1 -5 ;...
  -2  8 -1 -2 -4  1  0 -3  0 -4 -3  3 -2 -3 -3 -1 -1 -3 -2 -3 -1  0 -1 -5 ;...
  -2 -1  8  2 -3  0  0  0  1 -4 -4  0 -3 -4 -2  1  0 -5 -2 -4  4  0 -1 -5 ;...
  -2 -2  2  8 -4  0  2 -2 -1 -4 -5 -1 -4 -5 -2  0 -1 -5 -3 -4  5  1 -2 -5 ;...
   0 -4 -3 -4 13 -4 -4 -3 -4 -2 -2 -4 -2 -3 -3 -1 -1 -4 -3 -1 -4 -4 -2 -5 ;...
  -1  1  0  0 -4  7  2 -2  1 -4 -3  2  0 -4 -1  0 -1 -2 -1 -3  0  4 -1 -5 ;...
  -1  0  0  2 -4  2  7 -3 -1 -4 -4  1 -3 -4 -1  0 -1 -3 -2 -3  1  5 -1 -5 ;...
   0 -3  0 -2 -3 -2 -3  8 -2 -5 -5 -2 -3 -4 -3  0 -2 -3 -4 -4 -1 -3 -2 -5 ;...
  -2  0  1 -1 -4  1 -1 -2 11 -4 -3  0 -2 -1 -3 -1 -2 -3  2 -4  0  0 -1 -5 ;...
  -2 -4 -4 -4 -2 -4 -4 -5 -4  6  2 -4  2  0 -3 -3 -1 -3 -1  4 -4 -4 -1 -5 ;...
  -2 -3 -4 -5 -2 -3 -4 -5 -3  2  6 -3  3  1 -4 -3 -2 -3 -1  1 -4 -3 -1 -5 ;...
  -1  3  0 -1 -4  2  1 -2  0 -4 -3  6 -2 -4 -1  0 -1 -4 -2 -3  0  1 -1 -5 ;...
  -1 -2 -3 -4 -2  0 -3 -3 -2  2  3 -2  8  0 -3 -2 -1 -2 -1  1 -3 -2 -1 -5 ;...
  -3 -3 -4 -5 -3 -4 -4 -4 -1  0  1 -4  0  9 -5 -3 -3  2  4 -1 -5 -4 -2 -5 ;...
  -1 -3 -2 -2 -3 -1 -1 -3 -3 -3 -4 -1 -3 -5 10 -1 -1 -5 -4 -3 -2 -1 -2 -5 ;...
   2 -1  1  0 -1  0  0  0 -1 -3 -3  0 -2 -3 -1  5  2 -4 -2 -2  0  0 -1 -5 ;...
   0 -1  0 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -1 -2 -1 -1 -3 -1  2  6 -3 -2  0 -1 -1 -1 -5 ;...
  -4 -3 -5 -5 -4 -2 -3 -3 -3 -3 -3 -4 -2  2 -5 -4 -3 15  3 -4 -5 -3 -3 -5 ;...
  -2 -2 -2 -3 -3 -1 -2 -4  2 -1 -1 -2 -1  4 -4 -2 -2  3  9 -2 -3 -2 -1 -5 ;...
   0 -3 -4 -4 -1 -3 -3 -4 -4  4  1 -3  1 -1 -3 -2  0 -4 -2  5 -4 -3 -1 -5 ;...
  -2 -1  4  5 -4  0  1 -1  0 -4 -4  0 -3 -5 -2  0 -1 -5 -3 -4  5  2 -1 -5 ;...
  -1  0  0  1 -4  4  5 -3  0 -4 -3  1 -2 -4 -1  0 -1 -3 -2 -3  2  5 -1 -5 ;...
  -1 -1 -1 -2 -2 -1 -1 -2 -1 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -1 -1 -3 -1 -1 -1 -1 -1 -5 ;...
  -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5 -5  1 ;...
    ];

if nargout >1
    matrixInfo.Name = 'BLOSUM55';
    matrixInfo.Scale = 1/3;
    matrixInfo.Entropy = 0.5637;
    matrixInfo.ExpectedScore =  -0.4179;
    matrixInfo.HighestScore = 15;
    matrixInfo.LowestScore = -5;
    matrixInfo.Order = 'ARNDCQEGHILKMFPSTWYVBZX*';
end
